Tungkol sa custody, nasasaad sa Family Code na ang mga illegitimate children ay under sa parental authority ng kanilang ina. Nasasaad din doon na ang isang batang under 7 years of age ay hindi dapat ihiwalay sa kanyang ina liban na lamang kung may makitang matimbang na dahilan ang korte upang ibigay ang custody ng bata sa kanyang ama o iba pang maaaring may substitute parental authority sa bata. Ang ilan sa mga maaaring iconsider na grounds ng korte upang ibigay sa ama ang custody ng mga bata ay kung ang ina ng mga bata ba ay alcoholic, drug addict, walang trabaho, or generally hindi angkop na mag-aruga at sumuporta sa bata. Pwede ring iconsider pero hindi controlling ang isasagot ng bata halimbawa tanungin siya kung kanino niya mas gustong sumama. Sa pangkalahatan po, ang best interests of the child ang titignan ng korte para magdesisyon kung kanino mapupunta ang bata.
In general naman po, pwede namang pagkasunduan ng mga magulang ng bata kung kanino mapupunta ang custody niya. Ang mga rules tungkol sa custody na nabanggit ay gagamitin lamang kung halimbawang umabot sa korte ang issue.